輸送中のトラブルを防ぎ、無駄な出費を避けるには保冷箱の材質選びが決定的な差を生む。一般的な強度のダンボールでは長時間の保冷や結露による強度の低下に耐えきれない場合があるため、密閉度の高い厚手構造の専用箱や発泡スチロール容器の選定が推奨される。
また、ヤマト運輸株式会社の営業所や取扱店で購入できる純正保冷箱は、各サイズ規格にぴったり収まる設計となっており、サイズ過大による運賃の損を防ぐメリットがある。生鮮食品や水分を多く含む食材を送る際は、底面に吸水シートを敷くなどの細やかな防水対策を施すことで、箱の破損や他荷物への水漏れトラブルを回避できる。
