華やかな芸能生活の一方で、草笛光子のプライベートもまた多くの注目を集めてきました。1960年、彼女は文豪・芥川龍之介の三男であり、天才作曲家として名を馳せた芥川也寸志と結婚します。
当代きっての美男美女カップルとして世間の祝福を浴びたものの、多忙を極める2人の結婚生活は長くは続かず、約2年でピリオドを打つこととなりました。離婚の背景には、芸術家同士の多忙なすれ違いや、互いの仕事を尊重するがゆえの決断があったとされています。
その後、草笛光子は再婚することなく独身を貫き、子供はいません。孤独を恐れるのではなく、自立した1人の女性、そして表現者として生きる道を選んだ彼女の生き様は、現代を生きる多くの女性たちにとっても力強いロールモデルとなっています。