先天性耳瘻孔は、胎児が母体の中で成長する初期段階（妊娠4〜8週頃）に発生します。人間の耳は、胎児期に「第1鰓弓（さいきゅう）」および「第2鰓弓」と呼ばれる組織から発生する6つの隆起（耳小丘）が複雑に融合して形成されます。この融合プロセスの途中で組織間に微小な隙間が残り、皮膚の下に木の根のように伸びる袋（瘻管・嚢胞）が形成されてしまうのが根本的な原因です。
多くは片側の耳輪脚（耳の穴の上部前側）に見られますが、全体の約10〜15%は両側に発生します。気になる遺伝性について、医学統計では孤発例（家族に誰もいない突発的な発生）が半数以上を占めるものの、常染色体顕性遺伝（優性遺伝）の形式をとる家系も存在します。親が耳瘻孔を持っている場合、子どもに遺伝する確率は不完全浸透を考慮してもおよそ30〜50%と見積もられています。また、腎奇形や難聴を合併する「鰓耳腎（BOR）症候群」などの遺伝性疾患の一症状として現れるケースもあるため、家族歴や全身状態の確認が欠かせません。
