忍たま6年生の人気の根底には、ギャグアニメとしての軽快さの裏に隠された「室町・戦国乱世におけるプロ忍者のリアリズム」があります。原作『落第忍者乱太郎』（尼子騒兵衛 著）が綿密な時代考証に基づいていることは有名ですが、6年生を取り巻く環境は決して牧歌的な学園生活だけではありません。
当時の15歳は、現代の中学生とは全く異なり「元服」を迎えて一人前の武士・忍者として戦場に駆り出される年齢です。忍術学園を卒業すれば、彼らはそれぞれ異なる城主や忍軍に仕官することになります。公式設定や劇中の示唆において、「卒業後は互いに敵味方として刃を交える可能性がある」という過酷な運命が横たわっています。普段は仲良く委員会活動や合宿に勤しむ彼らが、数年後には命を奪い合う立場になり得るというアンビバレンス（二面性）が、物語に切なさと圧倒的な深みを与えています。
また、ファンの間で度々白熱する「6年生最強議論」も、彼らの実力主義を象徴する要素です。純粋な腕力やスタミナなら潮江文次郎や七松小平太が突出していますが、暗殺や情報戦、火薬による制圧なら立花仙蔵が圧倒的です。さらに縄標を自在に操る中在家長次の技量、過酷な戦場医学を修め「不運」すら武器にする善法寺伊作、あらゆる武器・器具を即興で使いこなす食満留三郎など、「誰か一人が絶対最強なのではなく、それぞれが致命的な専門領域を持つプロ集団」である点が、キャラクター考察の熱量を絶やさない要因となっています。
