STAP細胞騒動を語る上で避けて通れないのが、ノーベル生理学・医学賞を受賞した山中伸弥教授率いるiPS細胞研究との対比である。日本の再生医療界において、iPS細胞が緻密な科学的検証を経て世界的な標準となったのに対し、STAP細胞は確認不可能な幻の発見として消え去った。
また、この騒動は単なる研究不正の枠を超え、尊い人命をも奪う悲劇を生んだ。小保方氏の上司であり、発生学の権威として世界的業績を誇った笹井芳樹氏の悲痛な最期は、科学界全体に深い傷痕を残した。一流の研究組織におけるプレッシャーと過度な期待が、いかに歪みを生み出すかを示す教訓となった。