実写版の画期的な試みとして高く評価されたのが、「人間界のドラマ」と「体内世界の攻防」をダイナミックにリンクさせた点です。原作のスピンオフ作品『はたらく細胞BLACK』の要素を巧みに取り入れ、芦田愛菜演じる健康な女子高生・日胡の体内と、阿部サダヲ演じる不摂生な父・茂の体内が対比構造で描かれます。
日胡の体内は、緑豊かで清潔、細胞たちが生き生きと働く理想郷（ホワイト企業）であるのに対し、茂の体内は暴飲暴食、喫煙、運動不足によって荒廃した漆黒のディストピア（ブラック企業）。この2つの体内を行き来することで、「自分の生活習慣が体内の細胞たちにどれほど影響を与えるか」というメッセージが痛快なエンタメとして観客に突き刺さります。
家族の絆という普遍的なテーマを軸に置いたことで、細胞たちの命がけの戦いが単なるファンタジーにとどまらず、エモーショナルな感動へと昇華されました。
