手術を決断する上で最大の懸念事項となるのが費用面だ。内視鏡手術は入院期間（数日〜1週間程度）や全身麻酔、使用する医療材料によって総額数十万円規模の医療費がかかる。しかし、公的医療保険のセーフティネットを正しく活用すれば、実際の自己負担額は劇的に抑えられる。
日本の公的保険制度である高額療養費制度を利用すれば、一般的な所得層であれば1ヶ月あたりの自己負担限度額はおおむね8万〜10万円前後（食事代や差額ベッド代を除く）に収まる。事前に「限度額適用認定証」を取得して医療機関に提示しておけば、窓口での一時的な大金支払いを避けることも可能だ。
さらに、重症の好酸球性副鼻腔炎は厚生労働省が定める指定難病に認定されている。臨床基準を満たして難病指定医の診断書とともに申請が受理されれば、指定難病受給者証が交付され、手術代だけでなく術後の継続的な通院や高額な最新バイオ製剤の薬剤費に対しても手厚い医療費助成が受けられる。
