クラリスロマイシンが処方される疾患は多岐にわたりますが、特に処方頻度が高い3大領域において、その使われ方と期待される効果は大きく異なります。
第一に、クラリスロマイシン 副鼻腔炎 効果です。急性副鼻腔炎に対しては原因菌の殺菌を目的として通常量（1日400mg）が数日から1〜2週間処方されます。一方で、3ヶ月以上症状が続く慢性副鼻腔炎に対しては、世界的に日本が先駆けて確立した「マクロライド少量長期投与療法」が適用されます。この場合、通常の半量である1日200mg（1回100mgを2回、あるいは1回200mgを1日1回）を2〜3ヶ月にわたって継続します。ここでの目的は細菌の殺滅ではなく、過剰な粘液分泌の抑制や好中球性炎症を抑える「免疫調節作用（抗炎症作用）」です。ドロドロした黄色い鼻水がサラサラに変わり、鼻粘膜の腫れが引くまでには数週間単位の時間を要します。
第二に、クラリスロマイシン錠 咳 咽頭炎への適用です。マイコプラズマ肺炎やクラミジア肺炎、百日咳といった「非定型肺炎」の起炎菌は細胞壁を持たないため、一般的なペニシリン系やセフェム系の抗生物質が一切効きません。そのため、マクロライド系であるクラリスロマイシンが第一選択薬（または第二選択薬）として極めて強力な武器となります。ただし、風邪の初期症状として生じる一般的な咽頭炎の8割から9割はウイルス性であるため、抗生物質を飲んでも咳や喉の痛みが直接止まるわけではありません。
第三に、胃潰瘍や胃がんの主因となるクラリスロマイシン ピロリ菌除菌 成功率の推移です。一次除菌治療では、胃酸分泌抑制薬（P-CABやPPI）およびアモキシシリンとともにクラリスロマイシンを1週間併用するレジメンが標準化されています。かつては80%〜90%近い成功率を誇っていましたが、近年の臨床現場データでは耐性菌の出現により、クラリスロマイシンを含む一次除菌の成功率は全国平均で70%〜75%前後に低下しています。一次除菌で失敗した場合は、クラリスロマイシンをメトロニダゾールに変更した二次除菌へと移行するのが現行の治療プロトコルです。
