参拝の証として集める人が絶えない波除神社の御朱印は、そのバリエーションの豊かさと意匠の美しさで高い人気を誇ります。
通年授与される通常御朱印(波除稲荷神社・弁財天)に加え、季節ごとに頒布される限定御朱印の種類は非常に多彩です。二十四節気の移り変わりに合わせた「節気御朱印」をはじめ、毎月7日限定の御縁日御朱印、夏越しの大祓や例大祭の限定デザイン、さらには繊細なカッティングが施された切り絵御朱印など、訪れる時期ごとに異なる意匠と出会えます。
授与所では波除神社のお守りも充実しています。看板神具である大獅子の顔をあしらった「厄除獅子守」をはじめ、身に降りかかる災難を退ける「波除守」、災難を柳のように受け流して福を呼ぶとされる「しだれ柳守」など、持ち主を力強く守護する授与品が揃っています。