「滝二は部活の学校で、進学実績はそこまで高くないのでは？」という先入観は、実際の合格データを見れば完全に覆されます。卒業生約300〜350名規模の中で、進学系コース（スーパーフロンティア・クリエイティブフロンティア）が牽引する形で堅調な合格実績を積み上げています。
近年の合格実績では、京都大学・大阪大学・神戸大学をはじめとする難関国公立大学へ毎年数十名規模が合格しています。特に地元である神戸大学や兵庫県立大学への進学意欲が高く、国公立大学現役合格率は進学特化クラスにおいて非常に高い水準を維持しています。
私立大学においては、関西の最有力私立大学群である「関関同立（関西学院・関西・同志社・立命館）」に対して毎年延べ150〜200名以上の合格者を輩出。これに加えて「産近甲龍（京都産業・近畿・甲南・龍谷）」への合格者も多数を占めます。
さらに注目すべきは、長年の進学校としての歴史に裏打ちされた指定校推薦枠の充実度です。関西学院大学、関西大学、同志社大学、立命館大学といった主要校はもちろん、早稲田大学や明治大学など関東難関私立大学の推薦枠も保持しています。校内選考を勝ち抜くためには1年次からの定期テスト評価（評定平均4.0以上が目安）を維持する必要がありますが、一般入試と推薦入試の双方に強みを持つ点は私立ならではの大きなメリットです。
