KADOKAWA発行の「月刊少年エース」で連載が続く原作コミックでは、ギャグの裏側に隠されたシリアスな設定が徐々に紐解かれてきた。ケロロ小隊がなぜペコポン潜入の先発隊に選ばれるに至ったのか、そして彼らの幼少期である「ちびケロ」時代に秘められた真実など、初期のコミカルな作風からは想像もつかない重厚なエピソードが存在する。
特に、ドロロ兵長がかつて「ゼロロ」と呼ばれていた暗殺兵時代の過酷な訓練や、クルル曹長がかつて少佐の階級にありながら自ら降格を選んだ経緯など、キャラクターのルーツに関わる未公開級の裏設定は必見だ。これらの過去が明かされるたび、軽妙な日常会話の裏に潜む深い信頼関係が鮮明に浮かび上がってくる。
