「アルゴリズムたいそう」および「アルゴリズムこうしん」の真骨頂といえば、国内外の多彩なゲストを迎えたスペシャルコラボレーションです。「〜できるかな？」という決まり文句とともに登場したゲスト陣の顔ぶれは、Eテレの枠を超えた豪華さで毎回大きな反響を呼びました。
代表的な歴代コラボレーションには、以下のような伝説的な回があります。
・サッカー日本代表（ジーコジャパン時代）
宮本恒靖選手、川口能活選手、遠藤保仁選手ら当時の主力メンバーが公式ユニフォーム姿で参加。アスリートならではの完璧な体幹と俊敏性で、一糸乱れぬ体操を披露しました。
・大相撲の力士たち
横綱や幕内力士たちが締め込み姿で挑戦。巨体を器用に折り曲げ、すれすれのところでぶつからない迫力満点の映像は、視覚的な面白さを極限まで高めました。
・東北楽天ゴールデンイーグルス
プロ野球選手たちがグラウンドでユニフォームを着用して挑戦。チームワークの良さが際立つ息の合った動きを見せました。
・なでしこジャパン（サッカー女子日本代表）
世界一に輝いたメンバーが笑顔を交えつつも、持ち前の規律正しさで見事なフォーメーションを完成させました。
このほかにも、新幹線の車掌や駅員、消防士、忍者の里の忍者、フィリピン刑務所の受刑者たちなど、多種多様なプロフェッショナルとのコラボが実現しました。誰もが失敗の許されないプレッシャーの中で真剣に挑む姿が、視聴者に強いインパクトを与え続けました。
