由加山を初めて訪れる参拝者が最も戸惑うのが、「蓮台寺」と「由加神社本宮」が同じ境内の敷地内に隣り合って鎮座している点です。現地を訪れた旅行者からも「どちらにお参りすればよいのか」「何が違うのか」という疑問の声が頻繁に上がります。
この二重構造の背景には、明治元年に発令された神仏分離令（神仏判然令）の歴史的経緯が存在します。江戸時代まで、由加山は「由加山蓮台寺」という一つの巨大な神仏習合の寺院であり、蓮台寺の僧侶が瑜伽大権現および付属の社殿をすべて統括・奉仕していました。備前藩主池田侯が寄進した壮麗な社殿や客殿も、すべて蓮台寺の伽藍の一部でした。
明治維新に伴う廃仏毀釈の嵐の中、神道祭祀を行う「由加神社」と、仏教の法灯を守る「蓮台寺」へと組織が分離されました。現代における両者の明確な違いは以下の通りです。
- 由加山蓮台寺（寺院）：真言宗御室派の別格本山。本尊は十一面観世音菩薩および瑜伽大権現。本堂での護摩祈祷、客殿の文化財、仏教形式での厄除け供養を司る。参拝作法は「合掌一礼（拍手は打たない）」。
- 由加神社本宮（神社）：神道施設。主祭神は倉稲魂命・菅原道真公・大和加佐奈命。鳥居をくぐり、神前で「二礼二拍手一礼」にて参拝する。
宗教行政上は別法人として分立していますが、参拝者にとっては「神仏双方が共存してきた歴史の深さ」を体感できる貴重な聖域です。どちらか一方だけを参るのではなく、双方に敬意を払って順拝することが自然な作法として定着しています。
