旭日旗が近代的な軍事組織の旗として登場したのは明治維新直後です。1870年、大日本帝国陸軍が軍旗（連隊旗）として制定したのが、光線が16本放射状に伸びる「十六条旭日旗」でした。続いて1889年には大日本帝国海軍が、日章の位置を旗竿側（左側）に寄せた十六条旭日旗を「軍艦旗」として採用します。
第二次世界大戦の終結に伴い帝国陸海軍は解体されましたが、1954年（昭和29年）の自衛隊創設時に再び旭日旗のデザインが採用されることとなりました。ここで注目すべきは、陸上と海上で意匠が異なる点です。
海上自衛隊が旧海軍と同じ十六条旭日旗を継承した理由は、後述する国際法上の海軍旗（Naval Ensign）としての伝統と識別性を重視したためです。一方の陸上自衛隊旗は、芸術家や有識者の意見を取り入れ、過度な旧軍色を排しつつ日本の伝統的意匠を受け継ぐ形で新たに「八条旭日旗」が考案されました。
