実際の購入時や空港での手続きで差がつくのが、運賃設定と各種オペレーションの正確さです。運賃・航空券の割引プラン比較では、ANAの「ANA SUPER VALUE」とJALの「スペシャルセイバー」が真っ向から競合しています。早期予約時の割引幅に大きな差はありませんが、セール時の販売席数やタイムセールの実施頻度ではANAがアグレッシブに仕掛ける傾向があります。一方でJALは、国内線乗り継ぎ時の運賃合算ルールが明快で、複雑な旅程でのトータルコストを抑えやすいメリットがあります。
空港での安心感を左右する手荷物許容量と受託ルールは、国内線普通席でともに「1人あたり20kgまで無料」が標準です。国際線エコノミークラスでも23kg×2個（計46kg）まで無料で預け入れ可能となっており、LCC（格安航空会社）と一線を画すフルサービスキャリアならではの強みです。ゴルフバッグやスキー板、楽器などの特殊手荷物に対する梱包サポートや丁寧なハンドリングについては、地上係員の対応力を含めてJALが若干高い支持を得ています。
航空データ分析大手Cirium（シリウム）などの調査に基づく定時運航率と安全性の比較では、両社ともに世界トップクラスのオンタイム実績を誇ります。その中でもJALは「定時到着率世界第1位」のタイトルを幾度も獲得しており、天候不良時や機材トラブル発生時のリカバリーの早さ、代替便の手配力においてビジネス層から絶大な信頼を寄せられています。
