吉継を語る上で避けて通れないのが、当時「業病（ごうびょう）」と呼ばれたハンセン病とみられる難病との過酷な戦いです。天正年間の後半から症状が悪化し、顔面の崩落や失明といった肉体的な激痛に苛まれることとなりました。大谷吉継が白頭巾を着用した理由は、崩れた皮膚や視力を失った目を覆い隠すとともに、周囲への配慮と自身の誇りを保つためであったと伝えられています。
この病にまつわる最も有名な逸話が、大谷吉継の茶会エピソードです。豊臣秀吉が催した茶会で、一口ずつ茶を回し飲む儀礼の際、吉継の顔から膿が茶碗の中に滴り落ちました。居並ぶ武将たちが顔を背け、飲むふりをして次へ回す中、石田三成だけは躊躇なくその茶を飲み干し、「吉継殿、実に美味な茶でござる」と微笑みかけたとされます。
この美談は江戸時代の軍記物（『古老茶話』等）による後世の脚色が含まれるという指摘もありますが、当時の武将社会において忌避されがちだった難病を抱える吉継に対し、三成が一貫して対等な盟友として接していた心理的背景を如実に反映しています。偏見と孤独に晒されがちな境遇の中で育まれた二人の絆は、損得勘定を超越したものでした。
