確固たる研究実績を持つ有馬氏ですが、ここ数年はメディアやSNS上での歯に衣着せぬ発言が度々炎上を招く事態となっています。その主な対立軸となっているのが、慰安婦問題や関東大震災時の歴史認識をめぐるオピニオンです。
発端の一つとなったのは、ハーバード大学のマーク・ラムザイヤー教授が発表した慰安婦に関する学術論文をめぐる国際的論争です。有馬氏はいち早く同論文を擁護する立場を取り、国内外の批判派研究者と真っ向から対立しました。さらに、オピニオンサイト「デイリー新潮」や「アゴラ」に寄稿したコラム、X（旧Twitter）上での断定的なポストにおいて、既存の歴史通説やリベラル派の論客を激しく追及する姿勢が波紋を呼びました。
批判派の研究者や市民団体からは「一次史料の解釈に恣意性があるのではないか」「学術的な慎重さを欠いた表現だ」といった指摘が相次ぎ、大学側への抗議行動にまで発展した経緯があります。学究肌の公文書分析から、一歩踏み込んだポリティカルな言論闘争へとシフトしたことが、物議を醸す決定的な要因となっています。
