本館の室内展示も、現代のニーズに合わせて工夫を凝らしたアップデートが続けられている。かつて荒川で活躍した舟運（しゅううん）の歴史を伝える実物大の船や、当時の船頭の視点で急流下りを疑似体験できるシアターなど、臨場感あふれる展示が目白押しだ。
最新のデジタル解説パネルや体感型コンテンツも導入され、川の生態系や気象と水害のリスクについて、より分かりやすく学べる工夫が凝らされている。また、館内のミニ水族館では荒川に生息する淡水魚たちが泳ぐ姿を観察でき、身近な生態系の豊かさを静かに実感できる空間となっている。
