全国の店舗の中でも、圧倒的な集客力を誇るのが3大旗艦店です。カルチャーの発信地であるスヌーピータウンショップ 原宿店、国内外の観光客やビジネスパーソンが行き交うスヌーピータウンショップ 東京駅一番街店（東京キャラクターストリート内）、そして西日本の総本山として圧倒的な売り場面積を誇るスヌーピータウンショップ 大阪梅田店（阪急三番街内）は、常に高い熱気を帯びています。
気になるスヌーピータウン 混雑状況ですが、通常の平日昼間はゆったりと買い物が楽しめる一方、毎月恒例の新商品発売日、連休中、周年記念イベント開催時には店内への入場規制が敷かれるケースが珍しくありません。
特に東京駅一番街店や梅田店では、混雑緩和のために「開店前からの時間帯別整理券配布」や「Web整理券システム（LivePocketなど）」が導入されることが定着しています。限定アイテムの発売初日に足を運ぶ際は、公式サイトや店舗公式SNSで入店整理券の発行スケジュールを事前に確認しておくことが必須の手順です。
