単なる感染後咳嗽であれば時間の経過とともに軽快しますが、注意しなければならないのが合併症や別疾患への移行です。特にアレルギー体質を持つ方や過去に気管支炎を患った経験がある方は、インフルエンザの炎症をきっかけに「咳喘息（せきぜんそく）」を発症するリスクが高まります。ゼーゼー・ヒューヒューという喘鳴（ぜんめい）はないものの、夜間から早朝に激しい空咳が3週間以上続くのが典型的なサインです。
また、ウイルスによって気道防御能が著しく低下した隙を突き、細菌が二次感染を起こして「細菌性気管支炎」や「肺炎」を併発する事例も警戒が必要です。さらに、同時期に流行しやすいマイコプラズマ肺炎との重複・誤認にも注意を払わなければなりません。
一般的な感染後咳嗽では「無色〜白っぽい痰」または「痰を伴わない乾いた咳」が中心ですが、黄色や緑色の粘り気のある痰が増えたり、一度下がった熱が再び上昇（二峰性発熱）したりした場合は、気管支炎や肺炎への悪化を強く疑う必要があります。
