おへその構造は、くぼみの中に汗や剥がれ落ちた角質、衣服の繊維くずなどが溜まりやすい特殊な形状をしている。医療・皮膚科学の観点からも、この密閉された環境は湿度と温度が保たれ、細菌にとって絶好の繁殖地となることが分かっている。特に、ブドウ球菌や真菌（カビの一種）が増殖すると、ツーンとする酸っぱい臭いや納豆のような強烈な悪臭を放つようになるのだ。
日本皮膚科学会に所属する専門医らも指摘するように、人間のへそ内部には数百種類もの微生物が常在している。通常は皮膚のバリア機能によって平穏が保たれているが、皮脂汚れが酸化し、異常繁殖した細菌と混ざり合うことで強烈なニオイの発生源に変化する。つまり、へその臭いは単なる清潔感の問題ではなく、皮膚表面の菌バランスが崩れた結果として現れる症状なのである。
