大容量ボトル（1000ml前後）を購入し、ダイソーやセリアなどの100均、あるいは無印良品の携帯用アトマイザーや詰替ボトルに移し替えて使っているユーザーは少なくありません。しかし、専門的な見地から見ると、詰め替えには見落としがちな3つの落とし穴が存在します。
第一に、「容器の耐アルコール性」の問題です。アルコール（エタノール）が高濃度で配合されたマウスウォッシュを、非対応のプラスチック容器（一般的なポリスチレンやPET素材など）に入れると、容器が白濁・変形したり、最悪の場合はひび割れてバッグの中で液漏れを起こします。移し替える場合は、必ず「アルコール対応」と明記されたポリエチレン（PE）やポリプロピレン（PP）製ボトルを選択しなければなりません。
第二に、「雑菌の繁殖と有効成分の劣化」です。市販のマウスウォッシュは防腐設計が施されていますが、詰め替える際に空気中の雑菌や手指の常在菌が混入すると、ボトル内で菌が増殖するリスクがあります。また、薬用成分（CPCやIPMPなど）の中には光に弱いものもあり、透明容器に長期間放置すると効果が減弱します。詰め替える際は、「1〜2週間で使い切る分量だけを入れる」「遮光性のある容器を選ぶ」というルールを徹底してください。
