比較的生息規模が大きいとされる本州のツキノワグマや北海道のエゾヒグマにおいても、安泰とは言えない地域が存在します。
本州では、東北や北陸などの豪雪地帯では個体群が維持されている一方、西日本の地域個体群（紀伊半島、西中国、東中国など）では生息地の孤立化が深刻です。特に紀伊半島の個体群は遺伝的独自性が高いものの、生息数は100頭前後と見積もられており、絶滅の危機を脱していません。
北海道に生息するエゾヒグマにおいても、天北や手稲、渡島半島の一部など、都市開発や農地造成によって主個体群から切り離された地域個体群が存在します。エゾヒグマは生態系の頂点に君臨し、サケの遡上や木の実の種子散布を通じて森全体の物質循環を支える「キーストーン種」です。もしヒグマが地域的に姿を消せば、エゾシカのさらなる激増と森林植生の崩壊を招き、生態系全体に回復不能なダメージが波及します。
