松本零士シリーズの3隻は、一般の水上バスと比べても圧倒的な人気を誇るため、週末や連休、観光シーズンには満席になるケースが珍しくありません。確実に乗船するための手順を押さえておきましょう。
基本はTOKYO CRUISE公式ウェブサイトからの事前オンライン予約です。乗船日の約1ヶ月前から予約枠が開放され、クレジットカード等で事前決済が可能です。特に席数が限定的な「エメラルダス」や、夕景から夜景へと移り変わるサンセットタイムの便は早期に埋まりやすいため、日程が決まり次第速やかに予約を完了させるのが鉄則です。
事前予約が取れなかった場合でも、当日の各船着場窓口で当日券が販売されます。浅草発の午前便や昼過ぎのゴールデンルートを狙う場合は、浅草営業所の窓口オープン直後（朝9時台）に並んで当日枠を確保するのが賢い立ち回りです。
船内は全席自由席（一部特別イベント時を除く）となっているため、ベストポジションである前方席や窓際席を狙うなら、出航時刻の15〜20分前には乗船口の列に並んで待機しておくことを推奨します。
