水漏れのない強固な池が完成したら、いよいよ命を吹き込むプロセスへ移る。日本の水辺の主役として根強い人気を誇るのがメダカだ。国内の気候によく適応し、小さな池でもたくましく育つメダカは、自家製ビオトープに最適なパートナーと言える。
ただし、生き物を放流する直前の水質管理には細心の注意が必要だ。水道水をそのまま注ぎ入れると、含まれる塩素(カルキ)がメダカのエラを傷つけてしまう。市販のカルキ抜き剤を使用するか、中2日ほど天日干しして毒性を完全に抜く必要がある。また、澄んだ水質を長く保つためには、目に見えるゴミを取る物理フィルターと、フンなどを分解するバクテリアによる生物ろ過が欠かせない。灯油ポンプや小型水中ポンプとプラスチック容器、ウールマット、濾過砂利を組み合わせた自作の「ろ過装置」を稼働させれば、水替えの手間を最小限に抑え、驚くほど美しい透明度をキープできる。