公明党と創価学会の関係を巡り、ネット空間や論壇で今なお議論が絶えないのが日本国憲法第20条が規定する「政教分離の原則」との整合性です。批判派が「政教一致ではないか」と主張するのに対し、歴代の内閣法制局および政府統一見解は一貫して合憲の立場をとっています。
憲法第20条第1項後段には「いかなる宗教団体も、国から特権を受け、又は政治上の権力を統治してはならない」と記されています。この規定について、法制局の解釈では「国家権力が特定の宗教を優遇したり弾圧したりすることを禁じたもの」と定義されています。つまり、禁止されているのは「国（国家機関）が特定の宗教に便宜を図ること」であり、宗教法人や信仰を持つ個人が政党を結成・支持して議席を獲得する行為は、憲法が保障する「信教の自由（第20条）」や「結社の自由・政治活動の自由（第21条）」の行使として正当化されるという論理です。
内閣答弁書や憲法学の多数説においても、「宗教団体が支持政党を持ち、その政策実現を目指すこと自体は、労働組合が旧民主党系を支援し、経済団体が自民党を支援する構図と憲法上の本質は変わらない」と整理されています。ただし、政策決定のプロセスにおいて宗教法人側の意向が不当に反映されていないか、透明性の確保を求める声は常に投げかけられています。
