多くの利用者が混乱しやすいポイントとして、「コストコオンライン在庫があるのに、実店舗に行ったら売っていなかった」という現象が挙げられます。これは、オンライン通販と実店舗（倉庫店）で物流拠点と在庫管理システムが完全に分離されていることが原因です。
オンラインストア専用の倉庫に潤沢な在庫が存在していても、最寄りのコストコ倉庫店在庫がゼロであるケースは日常的に発生します。逆に、店舗限定の割引セール品やチルド・デリ商品のように、オンラインには一切掲載されないアイテムも多数存在します。
スマートフォン向けのコストコ在庫状況アプリ機能も年々アップデートされていますが、現状ではオンラインの購入可否表示と各倉庫店の店頭在庫データは別物として捉えるのが鉄則です。「オンラインで売っているから店舗にもあるはず」と思い込まず、実店舗での購入を目指す場合は必ずチャットやカスタマー窓口で個別店舗の在庫照会を行いましょう。
