本作のストーリーテリングにおいて、放送当時から現在に至るまでファンの間で議論が交わされてきたのが「ワームとネイティブの違い」および「最終回の結末」です。
物語の根底にあるのは、1999年の渋谷隕石落下によって飛来した侵略的異星生物「ワーム」と、それ以前から地球に潜伏していた先住異星人「ネイティブ」の対立構造です。ZECT（ゼクト）上層部を掌握していたネイティブは、全人類をネイティブ化する「人類総ネイティブ化計画」を秘密裏に進行させていました。
最終回の真相において、天道総司と加賀美新は、人類の自由と意思を守るためにZECTの首魁・根岸と、ネイティブ化を受け入れた三島正人を打倒。ワームと人間の共存、そして異種族間の悲哀を象徴した神代剣（仮面ライダーサソード／スコルピオワーム）の自己犠牲を経て、世界は再び平穏を取り戻します。ラストシーンで天道がフランス・パリのエッフェル塔を背景に豆腐を買い歩く姿は、「日常と平和を取り戻した天道総司の象徴」として描かれました。
