多数の医師が一斉に指定医資格を剥奪されたことで、京都府立医科大学附属病院およびその関連病院の臨床現場には深刻な影響が及びました。指定医でなければ法的な非自発的入院の判定や隔離・拘束の指示が下せないため、当直体制の維持や救急受け入れの制限を余儀なくされる局面が生じました。
また、同時期に大学上層部をめぐる別の不祥事報道なども重なったことで、京都府立医科大学附属病院精神科の評判や社会的信頼は一時大きく失墜しました。「自分や家族を診ている医師は適正な資格を持っているのか」「人権に関わる判断が正しく行われているのか」という患者や家族からの不安の声が相次ぎ、大学側は説明責任と信頼回復に追われることとなりました。
