苗字の由緒や歴史的背景を視覚的に証明するのが家紋です。全国の妹尾氏で用いられている主要な家紋には、一族が歩んできた誇り高い歴史が色濃く反映されています。
1. 丸に違い鷹の羽（まるにちがいたかのは）
妹尾氏の間で最も広く普及している家紋です。鷹の羽紋は武勇を重んじる武家階級の象徴であり、武芸に秀でた妹尾兼康の武辺にあやかり、中世以降の分家や子孫が誇りを持って定着させたものと考えられます。
2. 揚羽蝶（あげはちょう）／丸に揚羽蝶
平氏一門の代表的なシンボルである蝶紋は、妹尾氏が桓武平氏の系譜を受け継ぐ名門家人であったことを端的に示す家紋です。主に西日本の旧家や由緒ある直系寺社関係の家系に受け継がれています。
3. 丸に梅鉢（まるにうめばち）・抱き茗荷（だきみょうが）
地域ごとの神社仏閣への信仰や、江戸時代以降に神職・庄屋として地域を支えた系統において見られる家紋です。神仏の加護や一門の繁栄を祈る意味が込められています。
