電子レンジ調理で頻発するトラブルが、絹ごし豆腐の破裂（突沸・爆発）と、木綿豆腐の脱水しすぎによるパサつきです。これらは加熱の仕組みを理解することで簡単に回避できます。
絹ごし豆腐が爆発する主因は、中心部に閉じ込められた水分が急激に沸騰し、逃げ場を失った水蒸気が内側から弾ける現象にあります。これを防ぐには、加熱前に豆腐を2〜4等分にカットしておくか、フォーク等で表面に数箇所小さな空気穴を開けておく方法が極めて有効です。蒸気の抜け道を作ってあげることで、庫内での破裂事故を確実にシャットアウトできます。
一方、木綿豆腐がパサパサになってしまうのは、高出力で一気に水分を飛ばしすぎ、大豆のタンパク質が凝固・硬化してしまうためです。「少し水分が残っているかな」と感じる手前（約2分半）で加熱を止め、後述する余熱による自然脱水へ移行させるのが、しっとりした食感を保つプロのコツです。
