防衛医大が他の医科大学と決定的に異なるのは、学生の身分が「特別職国家公務員（防衛省職員）」として扱われる点です。この制度設計に基づき、防衛医大学費免除の仕組みが確立されており、入学金や6年間の授業料は一切かかりません。さらに教科書代、制服や作業服、寮での食事代や居住費に至るまで国費で賄われます。
それだけにとどまらず、在学中は防衛医大の学生手当と給与が毎月支給されます。手当の支給額は法律に基づき定められており、毎月およそ12万円台〜14万円台（※学年や法改正により変動）が口座に振り込まれるほか、6月と12月には期末手当・勤勉手当（いわゆるボーナス）も支給される手厚さです。
私立大学医学部に進学した場合の学費総額は2,000万〜4,000万円超に達することを考えると、経済的な負担を完全にゼロにした上で医師免許取得を目指せる環境は、経済的自立を志す受験生にとって破格の選択肢となっています。
