理研が撤退した後も米国での手続きを主導したのは、共著者の一人であったチャールズ・バカンティ元教授とハーバード大学系列の研究機関です。バカンティ教授は騒動以前から「生体組織へのストレスによる未分化細胞の出現（胞子様細胞仮説）」を長年提唱しており、STAP現象はその仮説の延長線上に位置づけられていました。
ハーバード大学が米国特許庁に対して行った手続きの詳細は以下の通りです。
- 広範な万能性クレームの拒絶：当初出願されていた「あらゆる体細胞が酸処理等で初期化される」という包括的特許は、再現性の欠如などを理由に拒絶理由通知を受ける。
- 権利範囲の狭小化と分割出願：拒絶を回避するため、多能性幹細胞の樹立ではなく「損傷組織における細胞応答」や「特定のストレスによる細胞増殖因子の活性化」といった限定的なアプローチへの補正が試みられた。
- 実用的な権利化の難航：修正された出願についても、科学的根拠の薄さから審査は難航し、当初描かれていた「万能細胞ビジネス」としての特許網構築には至っていない。
大学組織としては、過去の莫大な研究開発費と特許出願費用を回収するため、可能性がわずかでも残る権利を形式上維持しようとする法務戦略をとったに過ぎず、画期的な新技術として米国政府が認めたわけではありません。
