栄光の裏側で、部内には長年にわたり独自の密室文化が醸成されていた。なかでも有名なのが、上級生に1人ずつ下級生がついて身の回りの世話を行う「付き人制度」だ。過度な上下関係と過密な寮生活は、結束力を高める要素であった反面、理不尽な暴力や精神的圧迫を生む温床にもなっていた。
2000年代に入ると、部内での暴行発覚による日本高校野球連盟からの対外試合禁止処分が相次いだ。スポーツジャーナリズムの視点からも、過酷なシニア・ジュニア関係への厳しい批判が向けられるようになる。隠蔽と再発を繰り返す悪循環の中で、かつてのカリスマ的な指導体制は脆くも崩壊への道をたどった。
