事態を重く見た国土交通省（MLIT）は、即座に立ち入り検査へ踏み切った。会見に臨んだ国土交通大臣は、毅然とした表情で「空の安全を根本から脅かす行為であり、断じて容認できない」と強い不快感を表明。過去の類似事例を大幅に上回る、極めて厳格な処分方針を打ち出した。
日本の航空運送事業全体に対する社会的信用は一瞬にして失墜した。国交省は単なる業務改善命令にとどまらず、対象路線の減便や新規路線の認可凍結すら視野に入れた行政指導を警告。事業免許の根幹に関わるレベルのペナルティが現実味を帯びており、経営陣は未曽有の危機に直面している。
