反乱軍が最も計算を誤ったのは、敬愛してやまないはずの昭和天皇の反応だった。「自らの軍隊」が臣下を惨殺し、首都を占領したという報を受けた昭和天皇は、これまでにない強い憤怒を見せた。
軍上層部が叛乱軍への対応に逡巡し、説得による収拾を模索する中、昭和天皇は「朕が自ら近衛師団を率いて、これが鎮圧に向わん」とまで言い放ち、叛乱軍の即時鎮圧を断固として命じた。軍トップの曖昧な姿勢を突っぱねたこの強い決断こそが、クーデターを崩壊へと追い込む決定打となったのである。天皇の忠臣を自称した将校たちは、皮肉にも天皇自身によって「逆賊」と断罪される結果となった。