週末や大型連休の21時以降、3階の降車フロアおよび4階の発車フロアは混雑のピークを迎える。JR線の改札からそのままエレベーターに乗ろうとすれば、15分以上の待機列に巻き込まれることも珍しくない。多層構造のバスタ新宿（新宿南口交通ターミナルでは、縦横の移動をどう攻略するかが勝負の分かれ目となる。
独自取材で見えてきた最速の迂回ルートは、あえて混雑する「新南改札」を避け、甲州街道改札またはミライナタワー改札を経由するルートだ。屋外のエスカレーターを経由して4階へダイレクトに上がるアプローチは、混雑期の待ち時間を大幅に削り落としてくれる。東日本旅客鉄道（JR東日本の構内構造を知り尽くした常連客ほど、このサブリレーを活用しているのだ。
また、国土交通省関東地方整備局が主導した立体道路制度に基づく設計は、限られた都市空間の中に驚異的な輸送効率を実現した。しかしその反面、3階のタクシー乗り場と4階の高速バス発車エリアの動線が交差するポイントでは、初見の旅行者が混乱しやすい。事前にフロアマップを頭に叩き込み、階段移動を組み合わせることが賢明だ。
