彼女の歩みを振り返る上で欠かせないのが、早稲田大学における学術的バックグラウンドである。先進理工学部で学問の基礎を修め、大学院へと進む中で、細胞制御や再生医療に関する研究への情熱を深めていった。この時期培われた問題意識が、後に世界を震撼させる研究テーマの提示へとつながる。
若き研究者として彗星のごとく登場した彼女を中心として、STAP細胞研究プロジェクトが立ち上げられた。万能細胞の新たな可能性を示す革新的な発表は、従来の生物学の常識を覆すものとして熱狂をもって迎えられたが、その裏では急速なプロジェクト推進による歪みが確実に蓄積されていた。