雛見沢症候群の生態系において、絶対的な中心点として君臨するのが古手神社の巫女である古手梨花です。彼女は寄生虫の宿主たちの頂点に立つ「女王感染者」の血筋を受け継いでいます。
女王感染者は特別なフェロモンを分泌しており、周囲の感染者の寄生虫を鎮静化させ、病気の発症を抑える役割を果たしています。裏を返せば、女王感染者である梨花が死亡した場合、村全体の寄生虫が暴走し、住民全員が48時間以内にレベル5を発症して狂気に陥るという「終末作戦（滅菌作戦）」の根拠となる仮説が存在しました。
この特異な病態に目をつけたのが、陸上自衛隊系の秘密組織「アルフス」の後援を受ける鷹野三四と、医師の入江京介が率いる「入江診療所」です。入江診療所は表向きは村の一般的な医院として機能しながら、地下の極秘施設で雛見沢症候群の治療法確立と軍事転用の研究を並行して進めていました。
