この事態によって最も直接的な打撃を受けたのが、全日本空輸（ANA）や日本航空（JAL）をはじめとする大手航空会社である。保安検査のストップに伴い、滑走路上や搭乗ゲートで待機を余儀なくされた機体が溢れ返り、羽田や伊丹、福岡など全国各地へ向かう便のダイヤがドミノ倒しのように乱れた。定刻通りの運航は不可能となり、運休や大幅遅延が相次いだ。
航空会社側も乗員の手配や機材の回送スケジュールが大幅に狂い、夜間着陸の制限時間に追われるなど、現場のオペレーションは極限状態に追い込まれた。欠航が決定した便の代替手配や振り替え対応のためにカウンターへ押し寄せた客で長蛇の列ができ、スタッフの必死の対応も追いつかない状況が続いた。空のインフラが持つ脆さが、予期せぬ形で露呈した形だ。
