1637年に勃発した島原・天草一揆は、キリシタン弾圧の歴史において決定的な転換点となった。カリスマ的指導者として歴史に名を刻む天草四郎を中心に立ち上がった一揆勢は、幕府軍の猛攻によって過酷な末路をたどる。この武力抗争の惨劇を経て、信仰者たちは「武力による抵抗」の不可能性を骨身に染みて理解することとなった。
一揆の鎮圧後、幕府の幕政はいっそう苛烈を極め、踏み絵や宗門改めが徹底された。生存を選択した人々が選んだ道こそが、表向きは完璧な仏教徒や神道の氏子を装いながら、水面下で聖なる教えを守る「完全な潜伏」であった。彼らは表舞台から姿を消し、静かなる地下組織へと移行していったのだ。