来島海峡SAの利便性を大きく高めているのが、「上下線集約型（上下線一体型）」の施設構造です。本州（尾道）方面へ向かう上り線、四国（今治・松山）方面へ向かう下り線の双方が同じメインビルディングを利用する設計になっています。
この構造により、「行き（下り）で見つけた気になるお土産を、帰り（上り）にゆっくり購入する」といった柔軟な旅程設計が可能です。ただし、高速道路の構造上、上下線の車線をまたぐUターン（転回）は法律上およびシステム上不可となっていますので、進行方向の分岐進入路を間違えないよう注意が必要です。
さらに、地元住民やレンタカー利用者を中心に活用されているのが、一般道側出入口（ぷらっとパーク／ウェルカムゲート機能）です。今治市街側の一般道路（愛媛県道161号線方面など）からアクセス可能な一般道専用駐車場（無料）が整備されており、高速道路に乗ることなくSA内の展望台、レストラン、ショッピングコーナーを自由に利用できます。近隣観光地（糸山公園・サンライズ糸山など）を周遊する際の立ち寄りスポットとしても極めて優秀な裏ルートと言えます。
