本楽曲を語る上で最大のテーマとなるのが、タイトルにも冠された「25個目の染色体」が何を意味しているのかという点です。周知の通り、一般的な人間の細胞には父親由来の23本と母親由来の23本、合計23対（46本）の染色体が存在します。それにもかかわらず、なぜ歌詞の世界では「25個目」という未知の数が提示されているのでしょうか。
野田洋次郎の歌詞解釈において定説となっているのは、「ハッピー運」と「ラッキー運」を巡る詩的な割り当てです。歌詞中には、自分と大切な相手がそれぞれ持ち寄る運命の要素が描かれています。
人間を形作る基本セットである23個の遺伝的要素に加え、主人公が手にする「24個目」の特別な力（優しさやハッピー）、そして相手が宿す「25個目」の力（幸運やラッキー）。この2つが合わさることで、初めて「二人だけの完全な世界」が完成するという見立てです。本来は生物学的な設計図である染色体を、運命と愛のシンボルへと昇華させる野田洋次郎ならではのメタファー（暗喩）であり、常識的な科学知識をあえて踏み越えることで、誰にも真似できないロマンティシズムを創出しています。
