長野日本大学高等学校の入試難易度を測る上で欠かせないのが、設置されている複数学科・コースの構造理解です。高校受験における長野日大の偏差値は、最上位の特進系コース(探究創造学科等)が偏差値60〜62前後をマークしており、長野高校や長野吉田高校、屋代高校といった公立上位校との併願先として確固たるポジションを築いています。一方、部活動との両立や日本大学への進学を主軸に据える進学系コースは偏差値48〜52前後で推移しており、学力層に応じた明確な住み分けがなされています。
高校入試における長野日大の高校入試倍率は、推薦入試・専願入試では例年1.0〜1.2倍程度で落ち着く傾向にあるものの、一般併願入試では県立高校本番を控えた受験生が数千人規模で出願するため、名目上の志願倍率は高く見えます。実質倍率自体は合格者を柔軟に出すため極端な高倍率にはなりませんが、上位コースへのスライド合格ラインはシビアに判定されるため、過去問研究と基礎点の確保が欠かせません。
一方、中高一貫教育を担う長野日大の中学校受験は、北信地域における数少ない本格的な私立中入試として定着しています。適性検査型入試や総合問題、面接などを通じて論理的思考力と表現力を測る形式が取られ、公立中高一貫校である屋代高校附属中学校との併願パターンも一般化しました。小学校から中学校、高校へと内部進学する過程で培われる先取りカリキュラムと探究活動は、大学入試改革への適応力という面で大きなアドバンテージを生み出しています。