多指症の治療は病気の治療行為として認められているため、手術費用や入院費にはすべて健康保険が適用されます。自由診療のような高額な自己負担を強いられる心配はありません。
さらに、国や自治体による充実した公的医療費助成制度を利用することで、実際の経済的負担は極めて少なく抑えられます。知っておくべき主要な制度は以下の通りです。
1. 自立支援医療（育成医療）
身体に障害のある児童、またはそのまま放置すると将来障害を残すと認められる18歳未満の児童に対し、手術などの医療費を助成する国の制度です。世帯の所得に応じて自己負担上限額が定められ、高額な手術・入院費の大部分がカバーされます。管轄の市区町村の福祉窓口（保健センターなど）へ事前申請を行う必要があります。
2. 乳幼児医療費助成制度（マル乳・マル子など）
各自治体が独自に実施している医療費助成制度です。多くの自治体において、未就学児や小児の保険診療自己負担分（2割〜3割）が実質無料、あるいは1回数百円程度の負担に減免されます。育成医療と併用することで、病院窓口での最終的な支払いがほぼゼロになるケースが一般的です。
なお、単発の多指症は基本的に「小児慢性特定疾病」の対象疾患ではありませんが、他の全身性疾患や染色体異常に伴う複合的な症状である場合には対象となるケースもあります。主治医や医療ソーシャルワーカー（MSW）へ事前に相談することをおすすめします。
