東海大学の付属校としての最大の強みは、マンモス総合大学である東海大学への確固たる推薦パイプラインです。しかし、近年の東海大菅生は「単なる付属校」にとどまらない進路の複線化を急速に進めています。
高校卒業生の進路内訳を見ると、全体の約50〜60%が東海大学への内部推薦制度を利用して進学しています。医学部、工学部、海洋学部、情報通信学部、国際学部など、多彩な学部への進学枠が確保されており、高校在学中の全国付属高校統一テスト（学園オリンピック等）や校内成績を基準に希望学科へのマッチングが行われます。
一方で、特別進学コースを中心とする他大学志望者へのバックアップも充実しており、以下のような大学への合格実績をコンスタントに残しています。
- 国公立大学：東京学芸大学、首都大学東京（東京都立大学）、電気通信大学、地方国公立大学など
- 難関私立大学（GMARCH・早慶上理）：明治大学、青山学院大学、立教大学、中央大学、法政大学、東京理科大学など
- 医療・薬学系大学：北里大学、昭和大学、東京薬科大学など
総合進学コースで東海大学の推薦権利を保持しながら他大学を受験できる制度（条件付き併願制度）の活用も含め、生徒の学力と将来の夢に応じた柔軟な進路指導が確立されています。
