谷町九丁目駅を利用する多くの人が直面するのが、近鉄線（大阪上本町駅）への乗り換え動線に潜むタイムロスです。両駅は地下連絡通路で直結しているものの、ホーム間の実歩行距離は約350メートルから400メートルにおよびます。
Osaka Metro谷町線のホームは地下3階、千日前線は地下2階に位置し、そこから近鉄大阪上本町駅の地下ホームや地上ホーム（近鉄大阪線始発ホーム）へ移動するには、階段やエスカレーターの上り下りを伴います。朝の通勤ラッシュ時や荷物が多い場合、乗り換えには最低でも6〜9分の余裕を見込まなければなりません。
また、谷町九丁目駅には1番から14番まで多数の出口が存在します。天王寺区役所や上本町YUFURA方面は近鉄連絡通路側の出口（東側）、生國魂神社や寺町方面は1〜3番出口（西側）が最短ルートとなります。遠方からの出張や旅行で利用する際は、改札外コンコースに設置された大型コインロッカーの空き状況を把握しておくことも、スムーズな移動の鍵となります。
