公立中学校であるため学校単体としての深川中学校の偏差値は存在しませんが、生徒全体の学力レベルは江東区内でも上位に位置付けられています。毎年春に注目される深川中学校の進学実績は、都立・私立を問わず幅広い進路先への合格者を輩出している点が際立ちます。
具体的な深川中学校の高校進学先としては、都立最難関の一角である日比谷高校や戸山高校、進学指導重点校・推進校である青山高校、両国高校、小山台高校、城東高校などが挙げられます。私立高校においても、早慶MARCH附属校や難関進学校への進学者が毎年安定して出ており、生徒の学習意欲の高さが数字にも表れています。
学校側も定期的な進路指導や面談を通じて生徒一人ひとりの適性に合わせたアドバイスを実施しており、高校受験を意識した基礎学力の定着に力を注いでいる様子がうかがえます。
