岐阜市科学館の利用料金は、公立施設ならではの極めてリーズナブルな価格設定が魅力です。展示室単体、プラネタリウム単体でのチケット購入のほか、両方を楽しめるセット券が用意されています。
基本料金は展示室観覧料が大人310円、小中学生100円、プラネタリウム観覧料が大人620円、小中学生210円（幼児・未就学児は無料）。両方を鑑賞する場合はセット割引が適用され、大人通常930円が割安になります。
さらに料金をお得にする裏ワザとして見逃せないのが、自治体独自の支援制度や各種手帳の減免措置です。岐阜市内の小中学生は土曜日などに無料となるケースがあるほか、障がい者手帳保持者とその介護者1名は観覧料が全額免除となります。また、年間を通じて何度も訪れるリピーター向けに発行されている定期観覧券（年間パスポート）を利用すれば、年3〜4回以上の来館で元が取れる計算です。
