大学病院をはじめとする特定機能病院を受診する際、最も留意すべきは医療連携のルールと初診時の費用構造です。国が推進する「かかりつけ医機能の強化と大病院への患者集中是正」に基づき、慈恵医大病院でも紹介状を持たない初診患者に対して選定療養費の支払いが義務付けられています。
慈恵医大病院紹介状なし費用は、初診時選定療養費として医科7,700円（税込）が通常の診療費とは別に加算されます。また、病状が安定して他院への逆紹介を提案されたにもかかわらず本院での受診を希望し続けた場合、再診時にも3,300円（税込）の選定療養費が都度発生します。経済的な負担を避けるだけでなく、これまでの病歴や検査結果を正確に医師へ引き継ぐためにも、地域のクリニックや診療所からの紹介状取得は極めて重要です。
円滑な受診を果たす鍵となるのが慈恵医大病院初診予約のシステムです。患者自身が直接電話で初診枠を取ることも一部診療科で可能ですが、最も確実かつスピーディーなのは「紹介元医療機関を通じた事前予約（病病・病診連携枠）」を利用することです。かかりつけ医の窓口から慈恵医大の患者支援センターへFAX等で予約を申し込んでもらうことで、初診日時の確定やカルテの事前作成がスムーズに進み、当日の初診手続きにかかる待機時間を大幅に短縮できます。
